慢性疲労症候群の治療は、基礎疾患が認められず、また臨床検査上異常がない原因不明の病気なので、完全な治療法は確立されていない。
よって、患者個々に応じた対症療法を実施することになる。
投薬治療では、抗ウイルス薬や免疫グロブリン・免疫調節剤・ビタミン剤などが使用される。
場合によっては、抗精神薬や睡眠導入剤・消炎鎮痛剤も併用されることがあるが、慢性疲労症候群の治療における安全性や有効性はまだ確立されていない。
インターフェロンや抗ウイルス薬を使った治療法も多く試みられているが、ほとんどは効果が出ていない。
月見草オイルやフィッシュオイルなどのサプリメント、ビタミン剤の多量投与はよく行われるが、有益性はまだ証明されていない。
また、硫酸マグネシウムの筋肉注射により病状が改善する例は少数あるようだ。
それ以外の治療法としては、メンタル面として、同時に患者の不安を取り除くために、カウンセリングも行われることがある。
また、個人またはグループでの行動療法といった心理療法も有益である。
また、運動療法として、ウオーキング、ジョギング、水泳、サイクリング、などの軽～中度の有酸素運動を、医師の指示の下で行うことにより、疲労感を軽減させ、身体機能を高めることができる。
尚、慢性疲労症候群の患者は、男性：女性＝１：３の比率になっている。
また、児童にこの病状は起こるため、不登校に陥っている場合もある。
まずは医師と相談の上、十分な休養を取ると共に、適切な治療を行おう。
【あれるぎーせいびえん】
アレルゲンが鼻腔から侵入することで、鼻粘膜にある知覚神経や粘液の分泌腺、毛細血管などが刺激され、発作性・反復性のくしゃみ、鼻みず、鼻づまりなどのがひきおこされるもの。毎年同じ時期になると症状があらわれる季節性アレルギー性鼻炎の場合、多くは花粉が原因。また通年性アレルギー性鼻炎の場合はダニ、ハウスダストの関与が大きい。治療は、アレルゲンの除去や回避と、症状の緩和のための投薬を併行することが望ましい。
【あすたきさんちん】
サケやイクラ、エビ、カニに見られる赤色色素のことで、カロテノイドのひとつ。β-カロチンの数十倍、ビタミンEの数百倍の抗酸化力を誇るという研究報告もある。血液中のLDLコレステロールの酸化を抑える作用が強く、血管壁を守る役割がある。また、活性酸素の中でもっとも活性が強い一重項酸素（紫外線を大量に浴びると皮膚細胞で発生する）に対して効果を発揮するので、肌荒れやシワの予防、シミを抑制する効力もある。
【あみのさん】
人体の約20％を占めるたんぱく質の構成物質。全20種類のうち「必須アミノ酸」と呼ばれる9種類（スレオニン・フェニルアラニン・ヒスチジン・バリン・トリプトファン・ロイシン・リジン・イソロイシン・メチオニン）は、体内での合成が不可能で、食品を通して摂取する必要がある。食生活などの理由でこれらのアミノ酸が不足すると、体の疲れや体力の衰え、脂肪蓄積などを招く。20種類のアミノ酸はそれぞれ異なる役割を持っているため、サプリメントで補給する場合は、目的や症状に合わせて選ぶのがポイントとなる。